Το λιμάνι της αρχαιότητας δεν έμοιαζε με το σημερινό. Μέχρι τον 20ο αιώνα δεν είχε υποστεί τεχνικές παρεμβάσεις. Η θάλασσα έφτανε στο σημείο όπου σήμερα βρίσκεται η οδός Βενιζέλου και ήταν μικρού βάθους. Έτσι μπορούσαν να πλησιάσουν μόνο μικρά σκάφη, μαούνες και βαρκάκια. Τα πλοία αγκυροβολούσαν έξω από το λιμάνι και η φορτοεκφόρτωση των εμπορευμάτων και η επιβίβαση -αποβίβαση των επιβατών γινόταν με μικρά σκάφη που μπορούσαν να προσεγγίσουν την ακτή. Οι εγκαταστάσεις του λιμανιού, γύρω στα 1890-1900, βρισκόταν στο δυτικό μέρος της χερσονήσου της Παναγίας, εκεί όπου είναι σήμερα η πλατεία Καραολή και Δημητρίου ως το παλιό Τελωνείο. Στο ίδιο σημείο υπήρχε η μεγάλη αποβάθρα και οι αποθήκες και σε κοντινή απόσταση το Λιμεναρχείο, το Υγειονομικό και το Εμποροδικείο. Στην αποβάθρα κατέληγαν μικρές προβλήτες κατασκευασμένες από ξύλο όπου «έδεναν» τα μικρά σκάφη για την φόρτωση - εκφόρτωση και μεταφορά των εμπορευμάτων. Ονομαστές προβλήτες ήταν αυτή μπροστά από το ξενοδοχείο «Κωνσταντινούπολις» και η προβλήτα του «Λατίνου» στις καπναποθήκες των αδελφών Αλλατίνι. Σημαντική αδυναμία του λιμανιού υπήρξε η έλλειψη υποδομών ώστε να παρέχει ασφάλεια στους επιβάτες, τα πλοία και τα εμπορεύματα.